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          公司公告

          恭喜天昊客戶中國櫟類植物質體基因組研究見刊《Genomics》

          發稿時間:2021-06-30來源:天昊生物


          英文題目:Phylogenetic relationships in Chinese oaks (Fagaceae, Quercus): Evidence from plastid genome using low-coverage whole genome sequencing

          中文題目:中國櫟類(殼斗科,櫟屬)的系統發育關系:利用低覆蓋度全基因組測序的質體基因組證據

          期刊名:Genomics

          發表時間:2021年5月

          影響因子:6.209

          櫟屬植物作為一個物種豐富、分布廣泛、壽命長,特別是伴隨著廣泛的雜交和漸滲的譜系樹木,具有重要的經濟和生態價值,在進化研究中也備受關注。
          隨著研究的深入,人們已經發現櫟屬的系統發育估計是有問題的和具有挑戰性的:基于質體和低拷貝核基因標記的系統發育存在相互沖突,并且分辨率(特別是樹基部附近的關系)較低。這可能在很大程度上與系統發育信號不足有關。因此,有必要通過基因組數據來提供更多的系統發育信號,進而更加準確評估櫟屬的系統發育。植物系統發育中最廣泛使用的基因組數據是質體基因組,這是因為質體基因組具有明顯的優勢,例如適中的基因組大小、一般保守的結構和簡單的進化模式。即使在困難的系統發育中,質體數據的大部分應用已經呈現出了完全解析和強支持的關系。
          在這項研究中,作者整合了總共54個完整的質體基因組測序結果,代表了以前公認的中國櫟屬所有四個節(section),在多個數據集的基礎上估計了中國櫟屬的系統發育,探討了這些櫟屬的進化史。
          本研究利用低覆蓋度全基因組測序,首次報道了36種櫟屬植物完整質體基因組,并對質體基因組大小、GC含量及基因差異等進行了分析,利用滑窗分析檢測到7個具有較高核苷酸多樣性的區域(圖1)。


          之后利用完整的質體序列、蛋白質編碼外顯子和密碼子位置不同的數據集,通過最大似然(ML)和貝葉斯推理(BI)方法構建了6個進化樹。根據不同的方法獲得的拓撲幾乎一致。中國櫟屬之間的系統發育關系較好得以構建,并在大多數節點得到了很強的支持度(2)

          2、基于質體基因組蛋白質編碼外顯子的最大似然(ML)和貝葉斯推理(BI)構建的中國櫟屬系統發育樹。

          最后,根據大于150的有效樣本量來估計了中國櫟屬的分歧時間。其中值得一提的是,臺灣種與中國大陸種的分歧時間大約在16.03Ma(圖3)。

          該論文西北大學楊顏慈博士為第一作者,趙貴仿教授為通訊作者,研究得到了國家自然科學基金的資助。

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